查核費用由受查資產證券化關係人與專門職業及技術人員自行議定，並由 受查資產證券化關係人負擔。查核費用無法議定者，由主管機關與專門職 業及技術人員按估計之合理工作小時、專門職業及技術人員及其助理人員 之每小時費率為基礎共同議定之。
主管機關於收到專門職業及技術人員之查核報告並告知受查資產證券化關 係人後，受查資產證券化關係人應即將查核費用支付予專門職業及技術人 員。 如因可歸責於受查資產證券化關係人之原因，致專門職業及技術人員無法 繼續其查核工作時，除對受查資產證券化關係人依本條例有關規定處罰外 ，受查資產證券化關係人仍應依專門職業及技術人員實際投入之時間計付 查核費用。
受查資產證券化關係人拒絕支付查核費用者，依本條例第一百十五條規定 ，處新臺幣六十萬元以上三百萬元以下罰鍰。