專營電子支付機構年度財務報表由會計師辦理查核簽證時，應委託會計師 辦理內部控制制度之查核，並對專營電子支付機構申報主管機關表報資料 正確性、內部控制制度及法令遵循制度執行情形之妥適性，出具合理確信 報告。 主管機關得請專營電子支付機構委託會計師依主管機關規定辦理個人資料 保護與防制洗錢及打擊資恐機制專案查核。 會計師之查核費用由專營電子支付機構及會計師自行議定，並由專營電子 支付機構負擔會計師之查核費用。
專營電子支付機構前一年度經會計師查核簽證之資產總額達新臺幣十億元 或使用者人數達二百萬人以上者，應設置資訊安全專責單位及主管，不得 兼辦資訊或其他與職務有利益衝突之業務，並配置適當人力資源及設備。 前項資訊安全專責單位如隸屬於資訊組織架構，應與資訊單位分別設置， 以符合獨立運作之管理機制。 專營電子支付機構未符合第一項規定者，應於修正條文施行之日起六個月 內調整符合規定。
本辦法自中華民國一百十年七月一日施行。 本辦法修正條文，除中華民國一百十四年三月十九日修正發布之第二十七 條自一百十五年一月一日施行外，自發布日施行。