本辦法自中華民國一百十年七月一日施行。 本辦法修正條文，除中華民國一百十四年三月十九日修正發布之第二十七 條自一百十五年一月一日施行外，自發布日施行。
104.04.27配合本條例之施行，定明本辦法之施行日期。110.06.30條次變更並明定施行日期。114.03.19為配合電子支付機構及會計師就內部控制制度查核之實務作業情形，明定修正條文第 二十七條自一百十五年一月一日施行，爰修正本條第二項文字。